ビフィズス菌の大きな働きはなんと言っても、大腸内を整えてくれることだ。
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「整腸作用」と言うと乳酸菌と混同されそうだが、乳酸菌にはないビフィズス菌の大きな特徴は「酢酸(さくさん)」をつくるということにある。
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酢酸とはお酢に含まれる有機酸のひとつで、便秘にも下痢にも効能があると考えられているが、その改善の仕組みは大きく異なる。
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便秘の場合は、酢酸が腸の蠕動(ぜんどう)運動（収縮と弛緩を繰り返す動き）を起こし、それにより排便が促される。
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一方、下痢の場合は、酢酸の殺菌作用により下痢を引き起こす悪玉菌の増殖を防ぎ下痢が治まるというメカニズムである。